Schon in früher Zeit dürfte der sonnige Südhang des Freisinger Dombergs mit Obstbäumen und Weinstöcken bepflanzt worden sein. Wohl infolge der Errichtung des Bischofsitzes im 8. Jahrhundert wurden diese wertvollen Flächen Eigentum des Freisinger Bischofs – und blieben es bis 1802/03. Den Hang und auch die unterhalb davon gelegene ebene Fläche entlang der Herrenmoosach hatte man zunehmend kultiviert und mit vielerlei Obstbäumen, Weinstöcken bzw. mit Gemüse- und Kräuterbeeten versehen. Die reiche Ernte dieses großen Nutzgartens diente Jahrhunderte hindurch der täglichen Versorgung des Freisinger Hofes und der Freisinger Geistlichkeit.

Im 17. Jahrhundert wurde ein Teil des Gartens auch zu repräsentativen Zwecken umgenutzt: verschiedene Stadtansichten, die dort Blumenrabatten und einen kleinen Gartenpavillon inmitten eines kleinen Weihers direkt unterhalb der Residenz zeigen, bezeugen dies. Mit der Anlage des neuen großen Hofgartens nördlich der Stadt (an der heutigen Kammergasse) ab dem Jahr 1663 verlor der alte Garten am Dombergsüdhang wiederum jegliche Repräsentationsfunktion und wurde nun ausschließlich zum Anbau von Obst, Gemüse und Kräutern benutzt. Da die bisherige Bezeichnung „Hofgarten“ ebenfalls auf den neuen Hofgarten überging, kam die Bezeichnung „Hofküchengarten“ auf: damit wurde der Charakter als Nutzgarten deutlich unterstrichen.

Für das 18. Jahrhundert haben sich Hinweise auf den Anbau und die Ausstattung des Freisinger Hofküchengartens – verschiedene Korrespondenzakten sowie einige wenige „Hofküchengartenrechnungen“ – erhalten. Demnach waren der Süd- bzw. der Südosthang mit etwa 400 Obstbäumen, darunter Apfel-, Birn-, Zwetschgen-, Weichsel-, Schwarzkirschen-, Aprikosen-, Pfirsich-, Mirabell-, Ringlotten- und Nussbäumen bepflanzt. Verschiedene Zierobstbäume in Blumenkübeln standen ferner auf der Residenzterrasse. Auf den ebenen Flächen zwischen Bergfuß und Herrenmoosach wurden ausgedehnte Frühbeetanlagen für Gemüse und Kräuter errichtet. Kohlgemüse hatte man dort ebenso angebaut wie Hülsenfrüchte, Salat-, Zwiebel-, Wurzel-, Gurken- und Sprossengemüse. Auch Kräuter wie Thymian, Basilikum, Majoran, Lorbeer u. a. gediehen hier prächtig. Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts lassen sich am Südhang ferner auch Weinstöcke nachweisen. Bis Mitte des 18. Jahrhunderts dürften die Trauben zur Weinproduktion verwendet worden sein, später hingegen nur mehr als Frucht zum Essen. In der Mitte des Gartens, etwa im Bereich, in dem die Herrenmoosach einen Bogen nach Nordosten macht, lag der – im 20. Jahrhundert verfüllte – Hofküchengartenweiher. Hierin züchtete der Freisinger Hoffischer verschiedene Fischarten für die fürstbischöfliche Hoftafel heran. Schließlich wird im 18. Jahrhundert mehrmals auch die Existenz einer kleinen Baumschule bezeugt, die vermutlich im nordöstlichen Teil des Hofküchengartens lag.

Ab 1796 erwarb der Domherr Franz Joseph von Stengel den östlichen Teil des Hofküchengartens und ließ hier einen im englischen Landschaftsstil gestalteten Garten anlegen. Verschlungene Wege, ein Badhaus und eine Reihe exotischer Gewächse prägten diesen Freisinger „Englischen Garten“.

Das Ende der fürstbischöflichen Herrschaft 1802/03 und die Verlegung des Bischofsitzes nach München 1821 brachten das Ende der meisten Versorgungseinrichtungen des Hofes. Der ehemalige Hofküchengarten wurde jedoch bald wieder intensiv genutzt: als man 1826 im Residenzgebäude das Priesterseminar der Erzdiözese München und Freising untergebracht hatte, wurde er in die Versorgung des Seminars miteinbezogen.

Infolge der Verlegung des Priesterseminars nach München im Jahr 1968 blieb der Garten in weiten Teilen ungenutzt. Erst im Laufe der Jahre wurde er für die Versorgung des Bildungszentrums „Kardinal-Döpfner-Haus“, das heute im Residenzgebäude untergebracht ist, wiederentdeckt. Vor allem seit 1994, als sich der Landschaftspflegeverband Freising dem früheren Freisinger Hofküchengarten angenommen hat, konnte schrittweise eine deutliche Aufwertung dieses alten Kulturortes erreicht werden.

Die Möglichkeiten, die der Garten nicht zuletzt durch seine Lage und auch im Hinblick auf seine historischen Traditionen bietet, sind indes bis heute nicht voll ausgeschöpft.